2020年全國“兩會”期間，代表委員高度關注中醫藥事業的發展，特別是中醫藥在新冠肺炎疫情防控工作中發揮的獨特優勢，建議提案數比去年大幅增長，內容涉及面廣、熱點問題多、社會關注度高。國家中醫藥管理局回應民生關切，積極采納意見，共承辦中醫藥相關建議提案402件，其中全國人大建議261件，全國政協提案141件。
國家中醫藥管理局高度重視建議提案辦理工作。2020年5月，國家中醫藥管理局黨組召開會議，專題傳達學習貫徹習近平總書記在全國“兩會”期間發表的重要講話精神，研究部署貫徹落實舉措，明確要求積極回應民生關切，切實做到“件件有回應”。2020年7月，分管局領導召開專題會議，總結2019年全國“兩會”建議提案辦理情況，研究部署2020年全國“兩會”建議提案辦理工作，提出要講政治、講大局、講紀律，高標準、嚴要求做好建議提案辦理工作。
國家中醫藥管理局創新工作方法，結合工作實際，制定印發了《國家中醫藥管理局承辦十三屆全國人大三次會議代表建議工作指南》《國家中醫藥管理局承辦全國政協十三屆三次會議委員提案工作指南》，分別從主體責任、任務分工、復文內容、復文格式、公開程序、辦理時限等方面提出明確要求，實行主管領導和具體承辦人員分級負責制，嚴格把握辦理進度，嚴格保證復文質量。
在新冠肺炎疫情防控中，中醫藥發揮的作用引起廣泛關注。針對全國人大常委會重點督辦建議《健全國家公共衛生應急管理體系，提升監測預警和應急響應能力》，國家中醫藥管理局作為協辦單位，由局醫政司具體承辦，與局法監司、科技司等密切配合，認真總結正在開展的包括公共衛生防控救治能力建設、健全中醫藥管理體制等各項工作，及時提出意見建議供主辦部門參考，并積極參與傳染病防治法、突發公共衛生事件應對法等法律修訂和制定，將中醫藥第一時間參與公共衛生事件應急制度化法治化，進一步加強中醫藥服務體系建設，提高中醫醫院應急和救治能力。
針對政協委員《關于發揮中醫藥防治新冠肺炎疫情的提案》，國家中醫藥管理局在回復中明確，擬依托中國中醫科學院建設國家中醫藥傳染病臨床研究中心;協調有關部門爭取在全國建設5~6家中西醫結合傳染病臨床研究基地;協調發展改革委爭取在中醫藥行業內建設3~4家高級別生物安全實驗室(P3實驗室);協調科技部爭取在“十四五”中醫藥科技專項規劃中設立中西醫結合防治新發突發傳染病科研專項，開展中西醫治療新發突發傳染病防治機理研究、中醫藥有效方藥研究、中醫藥“防疫抗疫”古籍挖掘和疫病理論的創新等研究。
國家中醫藥管理局各承辦部門在辦復之前，均主動與代表委員進行交流和互動，采取當面溝通、電話溝通或信函等多種形式，充分聽取代表委員意見，特別是疫情防控工作建議和貫徹落實中央重大決策、推動中醫藥高質量發展的意見建議，拓寬視野和行業限制，有的放矢地辦理復文，努力提高辦理質量，建議提案辦結率、B類建議答復承諾事項完成率、與代表委員溝通率均為100%。同時在局政府網站開設“兩會建議提案辦理”公開欄目，已將國家中醫藥管理局主辦符合公開條件的人大代表建議復文93件(占61.2%)及政協委員提案復文46件(占64.8%)予以公開。
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