國家中醫臨床研究基地建設取得新進展，創新建立了符合中醫藥規律的臨床科研模式，真正實現了從臨床中來到臨床中去；14個重點疾病的臨床研究結果，與國際標準治療方案比較，確證了中醫或中西醫結合治療的優勢；構建了國際上首個傳統醫藥科研倫理標準和平臺，13個基地的臨床實驗室通過了ISO15189認證，建立了研究過程四級監察和研究結果第三方評價機制，為中醫藥協同創新搭建了平臺。16個基地的床位數和出院人數2012年比2009年分別增長39.38%、55.80%，平均住院日減少1.75天。
中藥資源普查試點工作扎實推進。共享前期普查試點經驗，積極爭取資金擴大范圍，31個省（區、市）都開展了普查試點，探索建立了中藥資源動態監測信息服務體系，為實施全國中藥資源普查打好基礎。支持11個省（區）開展種子種苗繁育基地建設，啟動5個中藥材種苗繁育基地和2個中藥種質資源庫建設。落實《國家知識產權戰略綱要》，啟動中醫藥傳統知識調查和研究工作。
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